ตำบลท่าเรือ เมื่อราวปี พ.ศ. ๒๓๔๐ หรือประมาณ ๒๐๐ ปีเศษที่ผ่านมา สภาพภูมิประเทศของตำบลท่าเรือ เป็นที่ทุ่งโล่ง มีลำคลองสายต่าง ๆ มากมาย ซึ่งเป็นลำคลองที่สามารถเชื่อมต่อกับชุมชนอื่น ๆ ได้หลายแห่ง เช่น บ้านท่าแดง ชุมชนวัดโพธิ์ปากพลี วัดโบสถ์ปราจีนบุรี ชุมชนบ้านสร้าง เป็นต้น ซึ่งบริเวณปากคลองท่าแดง (บ้านศาลเจ้าในปัจจุบัน) ซึ่งเป็นทางแยกของคลองสายต่าง ๆ ได้มีการจอดพักเรือของพ่อค้าชาวจีนซึ่งล่องเรือขายสินค้าให้กับชุมชนต่าง ๆ และได้จอดเรือตรงบริเวณปากคลองท่าแดง ซึ่งต่อมาได้เรียกบริเวณดังกล่าวว่า “ท่าเรือ” และเมื่อมีการตั้งเป็นตำบลขึ้นในอำเภอเขาใหญ่เปลี่ยนเป็นอำเภอปากพลีก็ยังชื่อตำบลท่าเรือตราบจนกระทั่งในปัจจุบันมีกำนันคนแรกคือ “ขุนชำนาญรักษาเขต” กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลเมื่อวันที่ ๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๘